本發明提供一種燃料電池冷卻系統，其用於低溫物流車，且包含第一及第二熱交換模組、冷卻泵組件、電磁閥組件與電子控制單元，第一及第二熱交換模組分別用以與車外及低溫貨廂內的空氣熱交換，冷卻泵組件用以使冷卻液循環，電磁閥組件電性連接電子控制單元；以電子控制單元進行一燃料電池控溫方法，首先接收燃料電池系統的輸出功率調整資訊，據以計算冷卻液的預估溫度、判斷預估溫度是否超出預先儲存的溫度區間，從而控制電磁閥組件，決定冷卻液通過第一熱交換模組降溫後，是否通過第二熱交換模組降溫，藉以控制燃料電池系統的工作溫度。